Op 16 februari 2016 zetten Koen Geens, toenmalig minister van Justitie, en Jean-Paul Janssens, voorzitter van het directiecomité van de FOD Justitie, hun handtekening onder de allereerste bestuursovereenkomst voor de FOD Justitie. Daarin stonden de prioriteiten van zowel de minister als het directiecomité, die in vijf strategische doelstellingen zijn opgedeeld. Het contract bevatte ook doelstellingen die de Ministerraad aan alle federale overheidsdiensten gaf. 

In afwachting van een nieuw kader voor het beheer van de FOD Justitie blijft de bestuursovereenkomst 2016-2018 van toepassing (zie bijlage).